За время своего существования Спасо-Преображенский храм переживал как периоды разорения и упадка, так и процветания и созидания.

В XVIII веке первый бежецкий краевед Петр Кузьмич Воинов в своём уникальном дневнике «Хронологионе» рассказывает о событиях в период междуцарствия, когда воспользовавшись слабостью Московского царства, происходило страшное «великое литовское разорение».

Город был значительно опустошен, «поляки не щадили ничего в годину смут: жгли, грабили и резали жителей». По словам летописца: «тая Божественная церковь, народу в ней сущу и молящуся, от литовских людей трижды соломою окладываема и огнем зажигаема бысть не сгоре и секиры секома пребысть без вреда цела, Господу сохраняющую и с народы».

Церковь, которую так и не смогли поджечь поляки, народ бережно сохранял, и стояла она до полного обветшания дерева. А в 1772 году возвели каменный храм «сицевыя ради вины сию церковь по мнозех летех христолюбцы обновиша».

Дальнейшая дореволюционная история храмового комплекса стала периодом спокойствия и созидания. В 1863 году на месте разобранного ранее деревянного храма прихожане решают построить теплый каменный во имя Покрова Богородицы. Его проект был утвержден Александром II 11 марта 1864 г. и в том же году реализован при содействии почетного гражданина Бежецка А. А. Чернова-Тыранова.

Дальнейшая дореволюционная история храмового комплекса стала периодом спокойствия и созидания. В 1863 году на месте разобранного ранее деревянного храма прихожане решают построить теплый каменный во имя Покрова Богородицы. Его проект был утвержден Александром II 11 марта 1864 г. и в том же году реализован при содействии почетного гражданина Бежецка А. А. Чернова-Тыранова.

Стараниями бежецкого купца, исполняющего должность церковного старосты Ивана Федоровича Крылова (1851−1905) в 1891 году оба храма были обнесены каменной оградой с металлической решеткой, и построена каменная сторожка. По его завещанию в пользу церкви и причта было пожертвовано 500 рублей процентными билетами государственной ренты.
Службы в храме продолжались до 1936 года.

Облик приспособленного под хозяйственные нужды храмового комплекса был сильно искажен. Отделка интерьеров обоих храмов была утрачена, в том числе клеевые росписи 1809 года Преображенской церкви, полностью уничтожена ограда с воротами.

Когда в 1998 году храмовый комплекс был возвращен в лоно Русской Православной Церкви, церкви, как и 400 лет назад, «от благолепия обнажены и опустошены бысть». При содействии уроженцев города Бежецка настоятеля храма Федора (Зеленова) и достойных продолжателей традиций бежецкого меценатства предпринимателей, в большей степени, Алексея Сергеевича Смирнова, а также других неравнодушных бежечан были проведены масштабные реставрационные работы. Уникальность работ заключалась в том, что для воссоздания не было чертежей, размеров, технического описания. В распоряжении была только пара фотографий Преображенского храма до революции. Стояла задача максимально приблизить современный облик под изначальный.

По древней традиции в нашем Отечестве воздвигнуто немало храмов-памятников. Бежецкий Спасо-Преображенский храм был сооружен в знак благодарения за изгнание захватчиков и в память преодоления народной смуты. Символично, что в новое время именно храм Преображения Господня был восстановлен первым среди поруганных церквей, став символом духовного возрождения.

По фотографиям была вознесена новая колокольня, воссоздана каменная ограда. Первую после завершения восстановительных работ Божественную литургию служили на Покров Пресвятой Богородицы 14 октября 2007 года, которую возглавил Архиепископ Тверской и Кашинский Виктор (Олейник).
Изящный белокаменный храм невелик, но всегда выглядит торжественно. Неповторимые детали декора, такие как фигуры ангелов, встречающих у дверей. Необыкновенный по красоте златоглавый купол, удивляющий своей грациозностью даже видавших виды гостей города. Удивительный природный рельеф прилегающей территории, склоны, прудик — храм гармонично сочетается с окружающим пейзажем. Преображенное после реставрации храма место является одним из излюбленных мест свадебных фотосессий.

Последним священником по некоторым сведениям был Спасский Александр Григорьевич (1879−1937), арестованный в 4 августа 1937 года и расстрелянный 17 сентября того же года.
После закрытия в здании церкви в течение двух лет проводились занятия по физическому воспитанию, позднее разместились цеха городского пищекомбината.